À l’origine le terme de tolérance est restrictif : on tolère, on supporte ce que l’on ne peut pas supprimer. L’expression de "liberté de conscience" est au contraire positive : elle implique que chacun peut penser ce qu’il veut et exprimer ce qu’il pense. Reste à savoir si une telle liberté met en cause, sur le plan religieux, l’unité des croyants et, sur le plan politique, la sûreté de l’État. Faut-il tolérer les opinions impies et les doctrines factieuses ? Inversement, si l’on accorde aux institutions ecclésiastiques et à l’État le droit de censurer certaines idées, on ouvre la voie à des restrictions de plus en plus graves de la liberté et l’on favorise l’autoritarisme des pouvoirs.